一是国家卫生健康委员会（原卫生部），二是中国中医药管理局（原国家中医药管理局），这两种机构颁发的证书在权威性上是相当的，但在使用范围和效力上有所不同。
1、国家卫生健康委员会（原卫生部）颁发的证书：这是由国家直接颁发的官方证书，其权威性较高，适用于全国范围内，持有此证书的中医食疗师可以在全国各地进行合法执业，且在行业内具有一定的影响力和认可度。
2、中国中医药管理局（原国家中医药管理局）颁发的证书：虽然由中国中医药管理局颁发，但其权威性略低于国家卫生健康委员会，持有此证书的中医食疗师在部分地区或特定行业可能具有更高的认可度。
在选择发证机构时，可以考虑以下几个因素：
1、地域性：如果你打算在全国范围内执业，那么国家卫生健康委员会颁发的证书更为合适，如果你希望在特定的地区或行业内发展，那么中国中医药管理局颁发的证书可能更受欢迎。
2、专业要求：中医食疗师的工作涉及中医理论、中药学、营养学等多个领域，因此选择发证机构时，应考虑该机构是否能够提供全面的培训课程，以及是否有丰富的实践经验。
3、认证标准：不同的发证机构可能有不同的认证标准和要求，在选择发证机构之前，可以了解其具体的认证流程和标准，以确保所获证书符合自己的需求。
4、政策支持：不同地区的政策支持程度不同，有些地方可能对中医食疗师的需求较大，因此在选择发证机构时，也要考虑当地的政策环境。
5、费用和时间：发证机构的收费标准和所需时间也是需要考虑的因素之一，国家卫生健康委员会颁发的证书费用较高，但适用范围较广；而中国中医药管理局颁发的证书费用较低，但适用范围较窄，两者的办理时间也有所不同，需要根据自己的实际情况进行权衡。
在选择中医食疗师证的发证机构时，应综合考虑以上因素，确保所获证书既符合自己的需求又具有较高的权威性，建议咨询当地相关部门或专业人士的意见，以便做出更为明智的选择。
